Орден «Звезда Академии» награждаются члены РАЕН за высокие научные достижения, создание научных школ, развитие академического движения, содействие укреплению и процветанию РАЕН.
Почетный знак «Рыцарь науки и искусства» учреждён Президиумом РАЕН 26 апреля 1999 года для награждения ученых и деятелей культуры, внесших значительный вклад в развитие науки и искусства,государственных и общественных деятелей, способствующих процветанию России, меценатов, своими пожертвованиями способствующими развитию науки и культуры России. Знаком могут быть награждены и иностранные граждане, в том числе члены РАЕН, за личный вклад в развитие научно-технического сотрудничества, научных и культурных связей с Россией. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Знак выполнен в виде восьмилучевой звезды с венком из дубовых и лавровых листьев в центре. Внизу венок перевит лентой с надписью — «Разум, честь, доблесть». Поверх венка накладной позолоченный георгиевский крест, покрытый прозрачной красной эмалью, в центре которого на геральдическом щите изображение герба Москвы. Знак изготовлен из оксидированного серебра. Размер звезды 60×60 мм, венка — 27×40 мм, креста — 31×32 мм, гербового щита — 9×12 мм. Знак носят на груди на алой ленте шириной 26 мм, к которой он крепится при помощисоединительного ушка. Для повседневного ношения имеется «фрачный» вариант размером 20×20 мм.
Орден «За вклад в развитие общества» — награда высшего отличия — присуждается по представлению «Фонда поддержки науки имени В. Н. Татищева» за усердие в работе на благо науки, экономики, культуры и образование.
Орден «За пользу Отечеству» В. Н. Татищева — сподвижника Петра Великого, выдающегося общественного и государственного деятеля России, присуждается за усердие в работе во благо российской науки, промышленности и культуры.
28 ноября 1995 года Президиум Академии учредил почетный знак «За заслуги в развитии науки и экономики России» для поощрения ученых и специалистов, внесших значительный вклад в развитие науки и экономики России. Знаком награждают также государственных и общественных деятелей, меценатов, своим трудом и пожертвованиями способствующими процветанию России, ее науки и культуры. Знаком могут быть награждены иностранные граждане, в том числе члены РАЕН, за личный вклад в развитие научно-технического сотрудничества, научных и культурных связей с Россией. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Знак выполнен из оксидированного серебра в виде венка из лавровых и дубовых веток, размером 27×40 мм, внизу перетянутых лентой с надписью «За заслуги». На венок наложен позолоченный крест, покрытый красной прозрачной эмалью, поверх него на геральдическом щите герб Москвы. Размер креста 31×32 мм, герба — 9×12 мм.
В апреле 1994 года Президиум РАЕН учредил серебряную и золотую медали Нобелевского лауреата, академика Петра Леонидовича Капицы — «Автору научного открытия». Серебряной медалью награждаются авторы научных открытий, зарегистрированных РАЕН и Международной ассоциацией авторов научных открытий, и члены Академии, внесшие существенный вклад в развитие естественных наук. Золотую медаль вручают авторам двух и более научных открытий, имеющих фундаментальное значение для ряда областей науки и реализованных в изобретениях. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Серебряная медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 30 мм, при помощи ушка и соединительного кольца она крепится к прямоугольной колодке, изготовленной из серебристого металла и обтянутой голубой муаровой лентой. Золотые медали изготовлены из золота и имеют те же размеры, что и серебряные. На лицевой стороне обеих медалей портрет П. Л. Капицы обращенный вправо, по окружности надпись — РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК. На обратной стороне в три строки надпись — АВТОРУ НАУЧНОГО ОТКРЫТИЯ, под ней горизонтально расположенные лавровые ветви, перевитые лентой.
Медалью выдающегося ученого-естествоиспытателя и философа XX века академика В. И. Вернадского награждаются лица, чья деятельность направлена на реализацию провозглашенных Академий принципов, целей и задач, за значимый вклад в развитие общественных и научных движений.
Медалью академика В. И. Вернадского «За вклад в развитие РАЕН» Награждаются члены Российской академии естественных наук за большой вклад в развитие науки и строительство Академии.
В соответствии с задачами РАЕН, главной из которых является всемерное содействие развитию науки и восстановлению экономической мощи России, Президиум Академии в сентябре 2008 года учредил медаль Петра I «За заслуги в деле возрождения науки и экономики России» двух степеней. Золотой медалью награждают ученых, специалистов, работников промышленности и сельского хозяйства, внесших выдающийся вклад в возрождение и развитие российской науки, экономики, культуры и в государственное строительство. Серебряной медалью награждают ученых, внесших большой вклад в развитие российской науки и добившихся крупных научных достижений, экономистов и специалистов органов государственного управления за успехи в деле экономического и государственного строительства, работников промышленного и сельскохозяйственного комплексов России, бизнесменов, чья практическая деятельность способствует возрождению экономики России, видных деятелей всех областей искусства и культуры. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Золотая и серебряная медали имеют одинаковые размеры и рисунок. Медаль выполнена в форме круга диаметром 30 мм, при помощи ушка и соединительного кольца крепится к прямоугольной колодке, обтянутой белой муаровой лентой шириной 20 мм с голубой полосой шириной 5 мм посередине. На лицевой стороне медали погрудный портрет Петра I с надписью по окружности «РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК», внизу стилизованное изображение земного шара, над которым вензель императора. На обратной стороне медали в центре надпись в пять строк — ЗА ЗАСЛУГИ В ДЕЛЕ ВОЗРОЖДЕНИЯ НАУКИ И ЭКОНОМИКИ РОССИИ, внизу — лавровая ветвь.
Медаль Нобелевского лауреата Ивана Петровича Павлова «За вклад в развитие медицины и здравоохранения» Президиум РАЕН учредил в феврале 1998 года. Ею награждают ученых и специалистов медицинских организаций научного профиля, практических врачей медицинских учреждений, а также специалистов в области организации здравоохранения, достигших больших успехов в укреплении здоровья населения. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 30 мм, при помощи ушка и соединительного кольца она крепится к прямоугольной колодке, изготовленной из серебристого металла и обтянутой белой муаровой лентой шириной 20 мм с голубой полосой шириной 5 мм посредине. На лицевой стороне медали портрет И. П. Павлова в шляпе, обращенный вправо, справа по окружности надпись — ИВАН ПАВЛОВ, слева — изображение известного памятника собаке. На обратной стороне медали по окружности надпись — РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК, в центре в шесть строк — ЗА ВКЛАД В РАЗВИТИЕ МЕДИЦИНЫ И ЗДРАВООХРАНЕНИЯ, ниже эмблема медицины — чаша со змеей.
В марте 2001 года Президиум РАЕН учредил почетную медаль Нобелевского лауреата Ильи Ильича Мечникова — одного из основоположников научной школы иммунологии. Медалью награждают видных ученых, достигших особого признания в медицинской науке и специалистов в области организации здравоохранения, а также организации научного, научно-исследовательского и научно-производственного профиля, внесшие существенный вклад в укрепление и охрану здоровья населения России. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 32 мм, при помощи ушка и соединительного кольца крепится к прямоугольной колодке, изготовленной из серебристого металла и обтянутой синей муаровой лентой шириной 20 мм. На лицевой стороне медали портрет сидящего с микроскопом И. И. Мечникова, справа от него по окружности надпись — И. И. Мечников. На обратной стороне медали по окружности надпись — РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК, в центре в пять строк — ЗА ПРАКТИЧЕСКИЙ ВКЛАД В УКРЕПЛЕНИЕ ЗДОРОВЬЯ НАЦИИ, ниже эмблема медицины — чаша со змеей.
В июле 2001 года была учреждена медаль Николая Ивановича Вавилова «За достижения в биологии и сельском хозяйстве» для награждения ученых, внесших значительный вклад в развитие отечественной и мировой биологической науки, а также специалистов и руководителей, работающих в различных организациях аграрного профиля и сельскохозяйственного производства за выдающиеся достижения в области полеводства, животноводства и экологии. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 30 мм, при помощи ушка и соединительного кольца она крепится к вытянутой вверх прямоугольной колодке, изготовленной из серебристого металла и обтянутой бирюзовой муаровой лентой. Внизу колодки влево и вправо от центра расположены по два ряда лавровых ветвей. На лицевой стороне медали портрет Н. И. Вавилова анфас, слева по окружности надпись — Н. И. ВАВИЛОВ. На обратной стороне медали по окружности надпись — РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК, в центре в пять строк — ЗА ДОСТИЖЕНИЯ В БИОЛОГИИ И СЕЛЬСКОМ ХОЗЯЙСТВЕ, ниже стилизованное изображение земного шара и два пшеничных колоска.
В соответствии с задачами, стоящими перед РАЕН по развитию экономики России, Президиум академии в октябре 2002 года учредил медаль Нобелевского лауреата Василия Васильевича Леонтьева «За достижения в экономике» — для награждения ученых и специалистов, внесших значительный вклад в развитие экономической теории и создания теории развития рыночных отношений, а также специалистов и практических работников производства создавших условия для развития рыночных отношений, наладивших выпуск конкурентоспособной продукции, создавших благоприятные условия для развития региона. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 30 мм, при помощи ушка и соединительного кольца крепится к вытянутой вверх прямоугольной колодке, изготовленной из серебристого металла и обтянутой голубой муаровой лентой. Внизу колодки влево и вправо от центра расположены лавровые ветви. На лицевой стороне медали в центре портрет В. В. Леонтьева, справа от него надпись — В. В. ЛЕОНТЬЕВ. На обратной стороне медали по окружности надпись – РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК, в центре в четыре строки — ЗА ДОСТИЖЕНИЯ В ЭКОНОМИКЕ, внизу переплетенные лентой дубовая и лавровая ветви.
В декабре 2004 года Президиум академии учредил медаль Нобелевского лауреата Ивана Алексеевича Бунина — выдающегося русского писателя и поэта для награждения видных ученых, государственных и общественных деятелей, способствующих развитию культуры, образования и искусства; деятелей культуры, лично создавших выдающиеся произведения искусства; меценатов, своими пожертвованиями или иной благотворительной деятельностью вносящих существенный вклад в развитие просвещения и культуры. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 32 мм, при помощи ушка и соединительного кольца крепится к вытянутой вверх прямоугольной колодке, изготовленной из серебристого металла и обтянутой голубой муаровой лентой. Внизу колодки влево и вправо от центра расположены лавровые ветви. На лицевой стороне медали в центре портрет И. А. Бунина, вверху даты его жизни — 1870 и 1953, внизу — автограф писателя. На другой стороне медали в центре в четыре строки надпись — РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК, снизу и сверху которой по окружности по две лавровые ветви.
В сентябре 2001 года Президиум РАЕН учредил медаль Е. Р. Дашковой — выдающегося государственного и общественного деятеля России, для награждения видных ученых и специалистов, достигших особого признания в области просвещения и культуры, государcтвенной, общественной и политической деятельности. Медалью могут быть награждены и организации научного, научно-исследовательского и научно-производственного профиля, развивающие инновационные технологии. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 30 мм, при помощи ушка и соединительного кольца крепится к вытянутой вверх прямоугольной колодке, изготовленной из серебристого металла и обтянутой голубой муаровой лентой. Внизу колодки влево и вправо от центра расположены лавровые ветви. На лицевой стороне медали в центре погрудный портрет Е. Р. Дашковой, справа от него даты ее жизни —1743 и 1810, слева по окружности — ЕКАТЕРИНА ДАШКОВА. На обратной стороне медали в центре в четыре строки надпись — РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК, снизу и сверху по окружности по две лавровые ветви.
В сентябре 2006 года Президиум РАЕН учредил почетную медаль академика Российской академии наук Н. М. Сисакяна — одного из основоположников космической биологии. Медалью награждают ученых, внесших большой вклад в науку в области биологии, радиобиологии, космической биологии и биомедицины, также лиц и организации ученых, содействующих международному сотрудничеству в области науки и интеграции российских ученых в мировое научное сообщество. Награждение удостоверяется почетным дипломом установленного образца. Медаль изготовлена из оксидированного серебра, имеет форму круга диаметром 30 мм, при помощи ушка и соединительного кольца крепится к прямоугольной колодке обтянутой синей муаровой лентой шириной 20 мм. На лицевой стороне медали погрудный портрет Н. М. Сисакяна с надписью по окружности «АКАДЕМИК Н. М. СИСАКЯН». На обратной стороне медали по окружности надпись — РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ ЕСТЕСТВЕННЫХ НАУК, в центре в пять строк — ЗА ВКЛАД В РАЗВИТИЕ БИОХИМИИ И КОСМИЧЕСКОЙ БИОМЕДИЦИНЫ, внизу — лавровая ветка.
Медаль действительного члена РАЕН, заслуженного деятеля науки РФ, доктора экономических наук, профессора В. И. Синько вручается ученым и специалистам за научный вклад в экономику и инновации в области инженерии.
Международная медаль академика А. Х. Мирзаджанзаде, вручается ученым и специалистам, достигшим высоких научных и производственных результатов и внесшим весомый вклад в подготовку кадров в области естественных наук и образования.